A PRODEPA aderiu aos programas de qualidade dos governos estadual e federal.

O Programa Nacional de Gestão Pública e Desburocratização - GesPública - proporciona melhoria da qualidade dos serviços públicos prestados aos cidadãos e o aumento da competitividade do País, formulando e implementando medidas integradas em agenda de transformações da gestão, necessárias à promoção dos resultados preconizados no plano plurianual, à consolidação da administração pública profissional voltada ao interesse do cidadão e à aplicação de instrumentos e abordagens gerenciais.

No nível estadual, a empresa é adesa ao Programa de Qualidade na Gestão Pública do Estado do Pará - PQG PA, que pressupõe práticas de gestão pautadas em princípios constitucionais básicos da administração pública e de uma administração contemporânea, traduzidas em uma tecnologia de gestão que utilizam modelos de excelência adotados por organizações nacionais e internacionais, como forma de elevar seus desempenhos e competitividade.

A PRODEPA também implantou o MPS.BR - Melhoria de Processos do Software Brasileiro, que é simultaneamente um movimento para a melhoria de software e um modelo de qualidade de processo voltada para a realidade do mercado de pequenas e médias empresas de desenvolvimento de software no Brasil. Ele é baseado no CMMI, nas normas ISO/IEC 12207 e ISO/IEC 15504 e na realidade do mercado brasileiro.

Foi a primeira empresa estadual de informática, em todo o Brasil, a obter o nível F, na avaliação do MPS.BR, realizada em dezembro de 2007. Este fato comprova o grau de comprometimento dos funcionários e da diretoria na busca da melhoria da qualidade em seus processos.